Desvantagens

As desvantagens e conflitos potenciais resultantes da Departamentalização Matricial, devem ser entendidos e solucionados de forma que não representem impedimento para os grandes benefícios oferecidos por este modelo. Os problemas mais frequentemente relatados por organizações que adotam a Departamentalização Matricial, incluem:
Conflitos Internos. Os conflitos entre as prioridades das gerências funcionais e de projetos ou produtos, são inevitáveis. A questão de “quem está no comando?”, afeta o trabalho rotineiro tanto dos departamentos funcionais como dos departamentos de projetos ou produtos. A divisão dos relacionamentos de autoridade e responsabilidade nas organizações matriciais são inerentemente complexas. Na Departamentalização Matricial não há lugar para gerentes intratáveis e autocráticos com uma visão estreita das responsabilidades organizacionais.
Relação de comando e autoridade complexos. Alguns autores consideram que a grande desvantagem da estruturação matricial da organização, está na possibilidade de dupla subordinação, o que resulta na ambigüidade do comando, o que pode gerar conflito de interesses entre as chefias funcionais, com as de projeto ou produtos. Não há unidade de comando na organização matricial, uma clara violação aos princípios de gerenciamento tradicionais. Os membros da equipe são frequentemente pegos entre demandas conflitantes entre os gerentes funcionais e de projetos. O desconforto e a incerteza de ter mais do que um chefe ao mesmo tempo, não pode ser descrita para alguém que nunca passou por esta situação. É claro, que se dois chefes são adequadamente orientados e mantém entre si comunicação franca, muitas destas dificuldades podem ser resolvidas ou eliminadas. Também faz-se necessário que a administração da organização defina claramente a gerência e atribua-lhe as competências necessárias.